Untuk bedah elektif (yang direncanakan) pelayanan kamar bedah dibuka dari pukul 07.00 sampai dengan 21.00 WIB. Sedangkan untuk kasus emerjensi, kamar bedah dibuka 24 jam. Jumlah tindakan bedah di Rumah Sakit Mata AINI sekitar 1800 kasus pertahun untuk operasi besar dan sekitar 1000 kasus operasi kecil.
Pelayanan ini ditunjang dengan peralatan bedah mutakhir seperti mikroskop operasi Zeiss dan Leica S18, mesin bedah phacoemulsifikasi Ozil Infinity dan AMO Compact Sovereign untuk tindakan bedah katarak fakoemulsifikasi, Mikroskop operasi Lumera-i dan Moller-Wedel, serta mesin Vitrectomy Accurus lengkap dengan accessories untuk bedah retina. Selain itu Rumah Sakit Mata AINI juga melakukan bedah cangkok kornea (keratoplasti), glaukoma, tumor mata, mata juling (strabismus) dan plastik rekonstruksi mata. Tersedia juga alat laser indirect ophthalmoscopy untuk kasus-kasus kelainan retina terutama pada bayi prematur yang memerlukan tindakan Laser retina dalam narkose umum.
Rumah Sakit Mata AINI mempunyai 5 kamar bedah utama, 1 ruang operasi emerjensi ,1 ruang kamar bedah minor, 1 ruang persiapan pasien dan 1 ruang kamar pemulihan pasca bedah yang dilengkapi dengan peralatan penunjang yang lengkap. Sebagai penunjang seluruh kegiatan pembedahan tersedia ruang sterilisasi lengkap dengan fasilitas mutakhir agar menjamin seluruh prosedur operasi berlangsung dengan baik.